Bezproblémový chod závlahy má na starost ovládací jednotka. Ta je propojena s jednotlivými ventily pomocí zabezpečeného elektrického kabelu a umožňuje přívod vody do jednotlivých sekcí.
Zavlažování probíha jako jeden závlahový cyklus (kterých může být i několik za den) a to postupně ve všech zvolených sekcích. Pokud je systém napojen přímo na čerpadlo, jednotka toto sama zapne a vypne. Závlaha tedy spolehlivě funguje i v době Vaší nepřítomnosti. Každý uživatel má možnost kdykoliv měnit již zadané programy nebo provádět manuální spouštění či vypínání. Je tedy dobré dopředu přemýšlet o tom, kde bude ovládací jednotka umístěna. Obvyklé je umístění v zahradním domku, na zdi garáže nebo dílny. Po stavební stránce musí být toto vybrané místo vybaveno přívodem elektřiny (230 V).